Proses kegiatan belajar mengajar (KBM) mulanya menempati kompleks kediaman Raja. Pada tahun 1952, sekolah berpindah ke gedung baru (sekarang menjadi Biara Susteran SSpS), sebelum akhirnya menempati lokasi permanennya sejak tahun 1954 hingga sekarang.
Kolaborasi dengan Gereja dan Deretan Pengajar Perintis
Guna memastikan kualitas KBM, Raja Don Thomas menjalin kerja sama erat dengan Gereja Katolik. Beliau mendatangkan tenaga pendidik dari Kongregasi Suster-Suster Abdi Roh Kudus (SSpS), di antaranya Suster Resignata, Suster Lidwina, Suster Anselma, Suster Guitmara, dan Suster Emanuel.
Sejumlah tokoh dan guru luar biasa juga tercatat menjadi pilar penggerak Yapenthom pada masa-masa awal, seperti:
Suster Petrosa CIJ
Pater Scholte SVD
Pater Donkers SVD
J. Ch. Jeremias Parera
Tarsisius da Rato
Th. M. Sogo Chynde
Stanislaus Bao
St. Osisi da Lopez
Nikolaus Daniel Naging
Pater Josef da Silva SVD
Pater Robert Rewu SVD
Dinamika dan Tantangan Perjuangan
Perjalanan Yapenthom tidak lepas dari berbagai dinamika politik dan tata kelola keuangan. Salah satu tantangan terbesar terjadi ketika Pemerintah Daerah Flores dan KPS Maumere mengeluarkan perintah untuk menghentikan pungutan retribusi kopra yang selama ini menjadi dana penyokong Yapenthom. Keputusan tersebut membuat keuangan yayasan menipis dan merintangi sejumlah rencana pembangunan lembaga pendidikan.
Tantangan juga datang pada dekade 1950-an. Pada Januari hingga Februari 1953, sempat terjadi aksi demonstrasi anti-Yapenthom oleh kelompok yang menamakan diri Kanilima. Namun, aksi ini diimbangi oleh kontra-aksi dari kelompok masyarakat yang konsisten mendukung kebijakan dan perjuangan Raja Don Thomas.
Kini, warisan sejarah Yapenthom tetap berdiri tegak sebagai bukti nyata dedikasi dan visi jauh ke depan dari Raja Don Thomas da Silva dalam membangun peradaban lewat jalur pendidikan di Kabupaten Sikka.
